Repeated Adhesion-based Mixing and Sorting of Cells

<MorpheusModel version="4">
    <Description>
        <Title>Mix and Sort</Title>
        <Details>Demonstration of dynamic cell-cell interactions in CPM module. This example shows the use of the HomoohilicAdhesion Plugin using a time-dependent adhesive variable. 

In the model (based on the CPM/CellSorting_2D.xml example), a cell Property "c" (for cadherin) is created and this is used as a symbol for the adhesive in HomophilicAdhesion for the Contact between the celltpes ct1 and ct2. The value of "c" is changed by an Equation which modulates cell-cell adhesion as a function of time according to a sine wave. 
  
As a result, the cell types ct1 and ct2 will sort out, then mix, sort out again, mix, etc. 
  
Steps to reproduce: 
1. Define a symbol for time, e.g. Time / TimeSymbol = "time" 
2. Define a Cell Property, e.g. "c". Note that this needs to be defined for all cell types (including medium). 
3. Define an Equation (in one of the cell types) that changes "c" as a function of "time". 
4. Add an adhesion plugin in CPM/Interaction/Contact/HomophilicAdhesion and with nonzero strength and use "c" as an adhesive. 
  
This works for HeterophilicAdhesion as well. 
  
Reference: 
Graner and Glazier, Simulation of biological cell sorting using a two-dimensional extended Potts model, Phys. Rev. Lett. 69, 2013–2016 (1992) 
  
Date: March 2, 2022 
	Author: walter@deback.net 
	Contributor: ferras_mahmoud.el-hendi@tu-dresden.de 
	Software: Morpheus (open-source), download from https://morpheus.gitlab.io </Details>
    </Description>
    <Space>
        <SpaceSymbol symbol="l"/>
        <Lattice class="square">
            <Size symbol="size" value="100, 100, 0"/>
            <BoundaryConditions>
                <Condition boundary="x" type="periodic"/>
                <Condition boundary="y" type="periodic"/>
            </BoundaryConditions>
            <Neighborhood>
                <Distance>3.9</Distance>
            </Neighborhood>
        </Lattice>
    </Space>
    <Time>
        <StartTime value="0"/>
        <StopTime value="5e4"/>
        <!--    <Disabled>
        <SaveInterval value="5e3"/>
    </Disabled>
-->
        <TimeSymbol symbol="time"/>
    </Time>
    <CellTypes>
        <CellType tags="ct1" class="biological" name="ct1">
            <VolumeConstraint target="53" strength="1"/>
            <Property name="cadherin" symbol="c" value="10.0">
                <Annotation>Cell property to control HomophilicAdhesion</Annotation>
            </Property>
            <Equation tags="ct1" symbol-ref="c">
                <Expression>sin(time / 1000.0) + 1</Expression>
                <Annotation>Equation changes the value of the symbol "c". This modulates cell-cell adhesion as a function of time according to a sine wave. </Annotation>
            </Equation>
        </CellType>
        <CellType tags="ct1" class="biological" name="ct2">
            <VolumeConstraint target="53" strength="1"/>
            <Property symbol="c" value="10.0"/>
        </CellType>
        <CellType tags="medium" class="medium" name="medium">
            <Property symbol="c" value="0.0"/>
        </CellType>
    </CellTypes>
    <CPM>
        <Interaction default="0.0">
            <Contact type2="medium" value="12" type1="ct1"/>
            <Contact type2="medium" value="5" type1="ct2"/>
            <Contact type2="ct1" value="8" type1="ct1"/>
            <Contact type2="ct2" value="8" type1="ct2"/>
            <Contact type2="ct2" value="0" type1="ct1">
                <HomophilicAdhesion tags="ct1, ct2" adhesive="c" strength="12">
                    <Annotation>Adhesive value is set to variable "c", which is calculated as result of a time dependent equation. See CellTypes/ct1/Equation .</Annotation>
                </HomophilicAdhesion>
            </Contact>
        </Interaction>
        <MonteCarloSampler stepper="edgelist">
            <MCSDuration value="1"/>
            <Neighborhood>
                <Order>2</Order>
            </Neighborhood>
            <MetropolisKinetics temperature="1"/>
        </MonteCarloSampler>
        <ShapeSurface scaling="norm">
            <Neighborhood>
                <Order>3</Order>
            </Neighborhood>
        </ShapeSurface>
    </CPM>
    <CellPopulations>
        <Population size="25" type="ct1">
            <Annotation>Create specific population for cells of cell type ct1 such that populations are "well-mixed".</Annotation>
            <Cell name="1" id="1">
                <Center>44.2692 47.6346 0</Center>
                <Nodes>44 43 0;43 44 0;44 44 0;45 44 0;46 44 0;47 44 0;42 45 0;43 45 0;44 45 0;45 45 0;46 45 0;47 45 0;42 46 0;43 46 0;44 46 0;45 46 0;46 46 0;47 46 0;42 47 0;43 47 0;44 47 0;45 47 0;46 47 0;47 47 0;41 48 0;42 48 0;43 48 0;44 48 0;45 48 0;46 48 0;47 48 0;41 49 0;42 49 0;43 49 0;44 49 0;45 49 0;46 49 0;47 49 0;41 50 0;42 50 0;43 50 0;44 50 0;45 50 0;46 50 0;47 50 0;41 51 0;42 51 0;43 51 0;44 51 0;45 51 0;46 51 0;47 51 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="2" id="2">
                <Center>52.4615 67.75 0</Center>
                <Nodes>51 63 0;52 63 0;50 64 0;51 64 0;52 64 0;53 64 0;50 65 0;51 65 0;52 65 0;53 65 0;54 65 0;55 65 0;50 66 0;51 66 0;52 66 0;53 66 0;54 66 0;55 66 0;50 67 0;51 67 0;52 67 0;53 67 0;54 67 0;55 67 0;50 68 0;51 68 0;52 68 0;53 68 0;54 68 0;55 68 0;49 69 0;50 69 0;51 69 0;52 69 0;53 69 0;54 69 0;55 69 0;50 70 0;51 70 0;52 70 0;53 70 0;54 70 0;55 70 0;51 71 0;52 71 0;53 71 0;54 71 0;55 71 0;56 71 0;52 72 0;53 72 0;54 72 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="3" id="3">
                <Center>73.5849 53.0943 0</Center>
                <Nodes>73 49 0;74 49 0;75 49 0;72 50 0;73 50 0;74 50 0;75 50 0;76 50 0;71 51 0;72 51 0;73 51 0;74 51 0;75 51 0;76 51 0;71 52 0;72 52 0;73 52 0;74 52 0;75 52 0;76 52 0;77 52 0;78 52 0;71 53 0;72 53 0;73 53 0;74 53 0;75 53 0;76 53 0;77 53 0;78 53 0;71 54 0;72 54 0;73 54 0;74 54 0;75 54 0;76 54 0;77 54 0;70 55 0;71 55 0;72 55 0;73 55 0;74 55 0;75 55 0;76 55 0;70 56 0;71 56 0;72 56 0;73 56 0;74 56 0;70 57 0;71 57 0;72 57 0;73 57 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="4" id="4">
                <Center>38.6981 40.8868 0</Center>
                <Nodes>35 38 0;36 38 0;37 38 0;38 38 0;39 38 0;40 38 0;41 38 0;42 38 0;35 39 0;36 39 0;37 39 0;38 39 0;39 39 0;40 39 0;41 39 0;42 39 0;35 40 0;36 40 0;37 40 0;38 40 0;39 40 0;40 40 0;41 40 0;42 40 0;35 41 0;36 41 0;37 41 0;38 41 0;39 41 0;40 41 0;41 41 0;42 41 0;36 42 0;37 42 0;38 42 0;39 42 0;40 42 0;41 42 0;42 42 0;36 43 0;37 43 0;38 43 0;39 43 0;40 43 0;41 43 0;42 43 0;36 44 0;37 44 0;38 44 0;39 44 0;40 44 0;41 44 0;42 44 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="5" id="5">
                <Center>37.2885 55.2885 0</Center>
                <Nodes>38 51 0;35 52 0;36 52 0;37 52 0;38 52 0;39 52 0;40 52 0;34 53 0;35 53 0;36 53 0;37 53 0;38 53 0;39 53 0;40 53 0;34 54 0;35 54 0;36 54 0;37 54 0;38 54 0;39 54 0;40 54 0;34 55 0;35 55 0;36 55 0;37 55 0;38 55 0;39 55 0;40 55 0;35 56 0;36 56 0;37 56 0;38 56 0;39 56 0;40 56 0;34 57 0;35 57 0;36 57 0;37 57 0;38 57 0;39 57 0;40 57 0;35 58 0;36 58 0;37 58 0;38 58 0;39 58 0;40 58 0;36 59 0;37 59 0;38 59 0;39 59 0;40 59 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="6" id="6">
                <Center>30.5472 49.1132 0</Center>
                <Nodes>32 45 0;33 45 0;28 46 0;29 46 0;30 46 0;31 46 0;32 46 0;33 46 0;27 47 0;28 47 0;29 47 0;30 47 0;31 47 0;32 47 0;33 47 0;26 48 0;27 48 0;28 48 0;29 48 0;30 48 0;31 48 0;32 48 0;33 48 0;27 49 0;28 49 0;29 49 0;30 49 0;31 49 0;32 49 0;33 49 0;28 50 0;29 50 0;30 50 0;31 50 0;32 50 0;33 50 0;28 51 0;29 51 0;30 51 0;31 51 0;32 51 0;33 51 0;34 51 0;29 52 0;30 52 0;31 52 0;32 52 0;33 52 0;34 52 0;30 53 0;31 53 0;32 53 0;33 53 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="7" id="7">
                <Center>61.0943 33.8113 0</Center>
                <Nodes>57 31 0;58 31 0;59 31 0;60 31 0;61 31 0;62 31 0;63 31 0;57 32 0;58 32 0;59 32 0;60 32 0;61 32 0;62 32 0;63 32 0;64 32 0;65 32 0;57 33 0;58 33 0;59 33 0;60 33 0;61 33 0;62 33 0;63 33 0;64 33 0;57 34 0;58 34 0;59 34 0;60 34 0;61 34 0;62 34 0;63 34 0;64 34 0;65 34 0;58 35 0;59 35 0;60 35 0;61 35 0;62 35 0;63 35 0;64 35 0;65 35 0;59 36 0;60 36 0;61 36 0;62 36 0;63 36 0;64 36 0;65 36 0;60 37 0;61 37 0;62 37 0;63 37 0;64 37 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="8" id="8">
                <Center>25.5283 40.8491 0</Center>
                <Nodes>25 36 0;26 36 0;27 36 0;24 37 0;25 37 0;26 37 0;27 37 0;24 38 0;25 38 0;26 38 0;27 38 0;28 38 0;23 39 0;24 39 0;25 39 0;26 39 0;27 39 0;28 39 0;23 40 0;24 40 0;25 40 0;26 40 0;27 40 0;28 40 0;23 41 0;24 41 0;25 41 0;26 41 0;27 41 0;28 41 0;23 42 0;24 42 0;25 42 0;26 42 0;27 42 0;28 42 0;23 43 0;24 43 0;25 43 0;26 43 0;27 43 0;28 43 0;23 44 0;24 44 0;25 44 0;26 44 0;27 44 0;28 44 0;23 45 0;24 45 0;25 45 0;26 45 0;27 45 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="9" id="9">
                <Center>38.3654 63.5192 0</Center>
                <Nodes>37 60 0;38 60 0;39 60 0;40 60 0;36 61 0;37 61 0;38 61 0;39 61 0;40 61 0;41 61 0;35 62 0;36 62 0;37 62 0;38 62 0;39 62 0;40 62 0;41 62 0;42 62 0;35 63 0;36 63 0;37 63 0;38 63 0;39 63 0;40 63 0;41 63 0;42 63 0;35 64 0;36 64 0;37 64 0;38 64 0;39 64 0;40 64 0;41 64 0;42 64 0;35 65 0;36 65 0;37 65 0;38 65 0;39 65 0;40 65 0;41 65 0;35 66 0;36 66 0;37 66 0;38 66 0;39 66 0;40 66 0;41 66 0;37 67 0;38 67 0;39 67 0;40 67 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="10" id="10">
                <Center>30.3333 65 0</Center>
                <Nodes>28 62 0;29 62 0;30 62 0;31 62 0;32 62 0;33 62 0;34 62 0;27 63 0;28 63 0;29 63 0;30 63 0;31 63 0;32 63 0;33 63 0;34 63 0;27 64 0;28 64 0;29 64 0;30 64 0;31 64 0;32 64 0;33 64 0;34 64 0;26 65 0;27 65 0;28 65 0;29 65 0;30 65 0;31 65 0;32 65 0;33 65 0;34 65 0;27 66 0;28 66 0;29 66 0;30 66 0;31 66 0;32 66 0;33 66 0;34 66 0;27 67 0;28 67 0;29 67 0;30 67 0;31 67 0;32 67 0;33 67 0;28 68 0;29 68 0;30 68 0;31 68 0;32 68 0;29 69 0;30 69 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="11" id="11">
                <Center>49.2642 82.0377 0</Center>
                <Nodes>47 79 0;48 79 0;49 79 0;50 79 0;51 79 0;52 79 0;46 80 0;47 80 0;48 80 0;49 80 0;50 80 0;51 80 0;52 80 0;53 80 0;46 81 0;47 81 0;48 81 0;49 81 0;50 81 0;51 81 0;52 81 0;53 81 0;45 82 0;46 82 0;47 82 0;48 82 0;49 82 0;50 82 0;51 82 0;52 82 0;53 82 0;45 83 0;46 83 0;47 83 0;48 83 0;49 83 0;50 83 0;51 83 0;52 83 0;53 83 0;47 84 0;48 84 0;49 84 0;50 84 0;51 84 0;52 84 0;47 85 0;48 85 0;49 85 0;50 85 0;51 85 0;48 86 0;50 86 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="12" id="12">
                <Center>60.2692 73.6538 0</Center>
                <Nodes>59 70 0;60 70 0;61 70 0;62 70 0;63 70 0;57 71 0;58 71 0;59 71 0;60 71 0;61 71 0;62 71 0;63 71 0;57 72 0;58 72 0;59 72 0;60 72 0;61 72 0;62 72 0;63 72 0;57 73 0;58 73 0;59 73 0;60 73 0;61 73 0;62 73 0;63 73 0;58 74 0;59 74 0;60 74 0;61 74 0;62 74 0;63 74 0;57 75 0;58 75 0;59 75 0;60 75 0;61 75 0;62 75 0;63 75 0;58 76 0;59 76 0;60 76 0;61 76 0;62 76 0;63 76 0;59 77 0;60 77 0;61 77 0;62 77 0;60 78 0;61 78 0;60 79 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="13" id="13">
                <Center>48 74.6604 0</Center>
                <Nodes>47 71 0;48 71 0;49 71 0;50 71 0;46 72 0;47 72 0;48 72 0;49 72 0;50 72 0;51 72 0;44 73 0;45 73 0;46 73 0;47 73 0;48 73 0;49 73 0;50 73 0;51 73 0;45 74 0;46 74 0;47 74 0;48 74 0;49 74 0;50 74 0;51 74 0;44 75 0;45 75 0;46 75 0;47 75 0;48 75 0;49 75 0;50 75 0;51 75 0;45 76 0;46 76 0;47 76 0;48 76 0;49 76 0;50 76 0;51 76 0;45 77 0;46 77 0;47 77 0;48 77 0;49 77 0;50 77 0;51 77 0;46 78 0;47 78 0;48 78 0;49 78 0;50 78 0;51 78 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="14" id="14">
                <Center>39.6792 72.3208 0</Center>
                <Nodes>37 68 0;38 68 0;39 68 0;37 69 0;38 69 0;39 69 0;40 69 0;37 70 0;38 70 0;39 70 0;40 70 0;41 70 0;42 70 0;37 71 0;38 71 0;39 71 0;40 71 0;41 71 0;42 71 0;43 71 0;37 72 0;38 72 0;39 72 0;40 72 0;41 72 0;42 72 0;43 72 0;37 73 0;38 73 0;39 73 0;40 73 0;41 73 0;42 73 0;43 73 0;37 74 0;38 74 0;39 74 0;40 74 0;41 74 0;42 74 0;43 74 0;44 74 0;37 75 0;38 75 0;39 75 0;40 75 0;41 75 0;42 75 0;43 75 0;37 76 0;38 76 0;39 76 0;40 76 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="15" id="15">
                <Center>44.8654 30.4615 0</Center>
                <Nodes>43 27 0;44 27 0;43 28 0;44 28 0;45 28 0;46 28 0;47 28 0;48 28 0;49 28 0;41 29 0;42 29 0;43 29 0;44 29 0;45 29 0;46 29 0;47 29 0;48 29 0;49 29 0;40 30 0;41 30 0;42 30 0;43 30 0;44 30 0;45 30 0;46 30 0;47 30 0;48 30 0;49 30 0;41 31 0;42 31 0;43 31 0;44 31 0;45 31 0;46 31 0;47 31 0;48 31 0;42 32 0;43 32 0;44 32 0;45 32 0;46 32 0;47 32 0;48 32 0;43 33 0;44 33 0;45 33 0;46 33 0;47 33 0;43 34 0;44 34 0;45 34 0;46 34 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="16" id="16">
                <Center>25.0943 57.0943 0</Center>
                <Nodes>24 53 0;25 53 0;26 53 0;27 53 0;23 54 0;24 54 0;25 54 0;26 54 0;27 54 0;28 54 0;23 55 0;24 55 0;25 55 0;26 55 0;27 55 0;28 55 0;23 56 0;24 56 0;25 56 0;26 56 0;27 56 0;28 56 0;22 57 0;23 57 0;24 57 0;25 57 0;26 57 0;27 57 0;28 57 0;22 58 0;23 58 0;24 58 0;25 58 0;26 58 0;27 58 0;28 58 0;22 59 0;23 59 0;24 59 0;25 59 0;26 59 0;27 59 0;22 60 0;23 60 0;24 60 0;25 60 0;26 60 0;27 60 0;23 61 0;24 61 0;25 61 0;26 61 0;27 61 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="17" id="17">
                <Center>46.7547 61.3585 0</Center>
                <Nodes>46 58 0;47 58 0;48 58 0;49 58 0;50 58 0;45 59 0;46 59 0;47 59 0;48 59 0;49 59 0;50 59 0;43 60 0;44 60 0;45 60 0;46 60 0;47 60 0;48 60 0;49 60 0;50 60 0;42 61 0;43 61 0;44 61 0;45 61 0;46 61 0;47 61 0;48 61 0;49 61 0;50 61 0;43 62 0;44 62 0;45 62 0;46 62 0;47 62 0;48 62 0;49 62 0;50 62 0;43 63 0;44 63 0;45 63 0;46 63 0;47 63 0;48 63 0;49 63 0;50 63 0;44 64 0;45 64 0;46 64 0;47 64 0;48 64 0;49 64 0;47 65 0;48 65 0;49 65 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="18" id="18">
                <Center>58.9434 46.7736 0</Center>
                <Nodes>59 43 0;55 44 0;56 44 0;57 44 0;58 44 0;59 44 0;60 44 0;55 45 0;56 45 0;57 45 0;58 45 0;59 45 0;60 45 0;61 45 0;55 46 0;56 46 0;57 46 0;58 46 0;59 46 0;60 46 0;61 46 0;62 46 0;63 46 0;64 46 0;55 47 0;56 47 0;57 47 0;58 47 0;59 47 0;60 47 0;61 47 0;62 47 0;63 47 0;55 48 0;56 48 0;57 48 0;58 48 0;59 48 0;60 48 0;61 48 0;62 48 0;63 48 0;55 49 0;56 49 0;58 49 0;59 49 0;60 49 0;61 49 0;62 49 0;63 49 0;60 50 0;61 50 0;62 50 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="19" id="19">
                <Center>61.8679 60.9057 0</Center>
                <Nodes>58 58 0;59 58 0;60 58 0;61 58 0;62 58 0;63 58 0;64 58 0;65 58 0;58 59 0;59 59 0;60 59 0;61 59 0;62 59 0;63 59 0;64 59 0;65 59 0;58 60 0;59 60 0;60 60 0;61 60 0;62 60 0;63 60 0;64 60 0;65 60 0;58 61 0;59 61 0;60 61 0;61 61 0;62 61 0;63 61 0;64 61 0;65 61 0;58 62 0;59 62 0;60 62 0;61 62 0;62 62 0;63 62 0;64 62 0;65 62 0;60 63 0;61 63 0;62 63 0;63 63 0;64 63 0;65 63 0;61 64 0;62 64 0;63 64 0;64 64 0;65 64 0;64 65 0;65 65 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="20" id="20">
                <Center>34.9434 80.566 0</Center>
                <Nodes>35 77 0;36 77 0;37 77 0;31 78 0;32 78 0;33 78 0;34 78 0;35 78 0;36 78 0;37 78 0;38 78 0;31 79 0;32 79 0;33 79 0;34 79 0;35 79 0;36 79 0;37 79 0;38 79 0;31 80 0;32 80 0;33 80 0;34 80 0;35 80 0;36 80 0;37 80 0;38 80 0;32 81 0;33 81 0;34 81 0;35 81 0;36 81 0;37 81 0;38 81 0;32 82 0;33 82 0;34 82 0;35 82 0;36 82 0;37 82 0;38 82 0;33 83 0;34 83 0;35 83 0;36 83 0;37 83 0;38 83 0;33 84 0;34 84 0;35 84 0;36 84 0;37 84 0;38 84 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="21" id="21">
                <Center>50.6792 37.566 0</Center>
                <Nodes>48 33 0;49 33 0;50 33 0;51 33 0;48 34 0;49 34 0;50 34 0;51 34 0;52 34 0;48 35 0;49 35 0;50 35 0;51 35 0;52 35 0;53 35 0;48 36 0;49 36 0;50 36 0;51 36 0;52 36 0;53 36 0;48 37 0;49 37 0;50 37 0;51 37 0;52 37 0;53 37 0;49 38 0;50 38 0;51 38 0;52 38 0;53 38 0;49 39 0;50 39 0;51 39 0;52 39 0;53 39 0;49 40 0;50 40 0;51 40 0;52 40 0;53 40 0;49 41 0;50 41 0;51 41 0;52 41 0;53 41 0;54 41 0;49 42 0;50 42 0;51 42 0;52 42 0;53 42 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="22" id="22">
                <Center>30.8491 32.0189 0</Center>
                <Nodes>29 28 0;30 28 0;31 28 0;32 28 0;29 29 0;30 29 0;31 29 0;32 29 0;33 29 0;28 30 0;29 30 0;30 30 0;31 30 0;32 30 0;33 30 0;34 30 0;29 31 0;30 31 0;31 31 0;32 31 0;33 31 0;34 31 0;35 31 0;28 32 0;29 32 0;30 32 0;31 32 0;32 32 0;33 32 0;34 32 0;27 33 0;28 33 0;29 33 0;30 33 0;31 33 0;32 33 0;33 33 0;28 34 0;29 34 0;30 34 0;31 34 0;32 34 0;33 34 0;28 35 0;29 35 0;30 35 0;31 35 0;32 35 0;33 35 0;29 36 0;30 36 0;32 36 0;33 36 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="23" id="23">
                <Center>70.7736 41.4906 0</Center>
                <Nodes>68 38 0;69 38 0;70 38 0;71 38 0;72 38 0;68 39 0;69 39 0;70 39 0;71 39 0;72 39 0;73 39 0;68 40 0;69 40 0;70 40 0;71 40 0;72 40 0;73 40 0;74 40 0;68 41 0;69 41 0;70 41 0;71 41 0;72 41 0;73 41 0;74 41 0;67 42 0;68 42 0;69 42 0;70 42 0;71 42 0;72 42 0;73 42 0;74 42 0;75 42 0;67 43 0;68 43 0;69 43 0;70 43 0;71 43 0;72 43 0;73 43 0;74 43 0;75 43 0;67 44 0;68 44 0;69 44 0;70 44 0;71 44 0;72 44 0;73 44 0;71 45 0;72 45 0;73 45 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="24" id="24">
                <Center>28.4231 73.8269 0</Center>
                <Nodes>28 69 0;26 70 0;27 70 0;28 70 0;29 70 0;30 70 0;26 71 0;27 71 0;28 71 0;29 71 0;30 71 0;31 71 0;26 72 0;27 72 0;28 72 0;29 72 0;30 72 0;31 72 0;26 73 0;27 73 0;28 73 0;29 73 0;30 73 0;31 73 0;26 74 0;27 74 0;28 74 0;29 74 0;30 74 0;31 74 0;26 75 0;27 75 0;28 75 0;29 75 0;30 75 0;31 75 0;26 76 0;27 76 0;28 76 0;29 76 0;30 76 0;31 76 0;26 77 0;27 77 0;28 77 0;29 77 0;30 77 0;31 77 0;26 78 0;28 78 0;29 78 0;30 78 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="25" id="25">
                <Center>51.5472 53.3019 0</Center>
                <Nodes>51 50 0;52 50 0;53 50 0;54 50 0;55 50 0;49 51 0;50 51 0;51 51 0;52 51 0;53 51 0;54 51 0;55 51 0;48 52 0;49 52 0;50 52 0;51 52 0;52 52 0;53 52 0;54 52 0;55 52 0;48 53 0;49 53 0;50 53 0;51 53 0;52 53 0;53 53 0;54 53 0;55 53 0;48 54 0;49 54 0;50 54 0;51 54 0;52 54 0;53 54 0;54 54 0;55 54 0;48 55 0;49 55 0;50 55 0;51 55 0;52 55 0;53 55 0;54 55 0;55 55 0;48 56 0;49 56 0;50 56 0;51 56 0;52 56 0;53 56 0;55 56 0;48 57 0;49 57 0</Nodes>
            </Cell>
        </Population>
        <Population size="25" type="ct2">
            <Annotation>Create specific population for cells of cell type ct2 such that populations are "well-mixed".</Annotation>
            <Cell name="26" id="26">
                <Center>45.283 38.9057 0</Center>
                <Nodes>47 34 0;43 35 0;44 35 0;45 35 0;46 35 0;47 35 0;42 36 0;43 36 0;44 36 0;45 36 0;46 36 0;47 36 0;42 37 0;43 37 0;44 37 0;45 37 0;46 37 0;47 37 0;43 38 0;44 38 0;45 38 0;46 38 0;47 38 0;48 38 0;43 39 0;44 39 0;45 39 0;46 39 0;47 39 0;48 39 0;43 40 0;44 40 0;45 40 0;46 40 0;47 40 0;48 40 0;43 41 0;44 41 0;45 41 0;46 41 0;47 41 0;48 41 0;43 42 0;44 42 0;45 42 0;46 42 0;47 42 0;48 42 0;43 43 0;45 43 0;46 43 0;47 43 0;48 43 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="27" id="27">
                <Center>54.0769 59.9808 0</Center>
                <Nodes>54 56 0;50 57 0;51 57 0;52 57 0;53 57 0;54 57 0;55 57 0;56 57 0;57 57 0;51 58 0;52 58 0;53 58 0;54 58 0;55 58 0;56 58 0;57 58 0;51 59 0;52 59 0;53 59 0;54 59 0;55 59 0;56 59 0;57 59 0;51 60 0;52 60 0;53 60 0;54 60 0;55 60 0;56 60 0;57 60 0;51 61 0;52 61 0;53 61 0;54 61 0;55 61 0;56 61 0;57 61 0;51 62 0;52 62 0;53 62 0;54 62 0;55 62 0;56 62 0;57 62 0;53 63 0;54 63 0;55 63 0;56 63 0;57 63 0;54 64 0;55 64 0;56 64 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="28" id="28">
                <Center>54.9815 76.7593 0</Center>
                <Nodes>55 72 0;56 72 0;52 73 0;53 73 0;54 73 0;55 73 0;56 73 0;52 74 0;53 74 0;54 74 0;55 74 0;56 74 0;57 74 0;52 75 0;53 75 0;54 75 0;55 75 0;56 75 0;52 76 0;53 76 0;54 76 0;55 76 0;56 76 0;57 76 0;52 77 0;53 77 0;54 77 0;55 77 0;56 77 0;57 77 0;58 77 0;52 78 0;53 78 0;54 78 0;55 78 0;56 78 0;57 78 0;58 78 0;59 78 0;53 79 0;54 79 0;55 79 0;56 79 0;57 79 0;58 79 0;54 80 0;55 80 0;56 80 0;57 80 0;58 80 0;54 81 0;55 81 0;56 81 0;57 81 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="29" id="29">
                <Center>37.717 26.9811 0</Center>
                <Nodes>40 23 0;37 24 0;38 24 0;39 24 0;40 24 0;41 24 0;34 25 0;35 25 0;36 25 0;37 25 0;38 25 0;39 25 0;40 25 0;41 25 0;34 26 0;35 26 0;36 26 0;37 26 0;38 26 0;39 26 0;40 26 0;41 26 0;34 27 0;35 27 0;36 27 0;37 27 0;38 27 0;39 27 0;40 27 0;41 27 0;42 27 0;34 28 0;35 28 0;36 28 0;37 28 0;38 28 0;39 28 0;40 28 0;41 28 0;42 28 0;34 29 0;35 29 0;36 29 0;37 29 0;38 29 0;39 29 0;40 29 0;35 30 0;36 30 0;37 30 0;38 30 0;39 30 0;36 31 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="30" id="30">
                <Center>37.2353 47.6863 0</Center>
                <Nodes>35 44 0;34 45 0;35 45 0;36 45 0;37 45 0;38 45 0;39 45 0;40 45 0;41 45 0;34 46 0;35 46 0;36 46 0;37 46 0;38 46 0;39 46 0;40 46 0;41 46 0;34 47 0;35 47 0;36 47 0;37 47 0;38 47 0;39 47 0;40 47 0;41 47 0;34 48 0;35 48 0;36 48 0;37 48 0;38 48 0;39 48 0;40 48 0;34 49 0;35 49 0;36 49 0;37 49 0;38 49 0;39 49 0;40 49 0;34 50 0;35 50 0;36 50 0;37 50 0;38 50 0;39 50 0;40 50 0;35 51 0;36 51 0;37 51 0;39 51 0;40 51 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="31" id="31">
                <Center>69.6731 34.2692 0</Center>
                <Nodes>69 31 0;70 31 0;66 32 0;67 32 0;68 32 0;69 32 0;70 32 0;71 32 0;72 32 0;73 32 0;65 33 0;66 33 0;67 33 0;68 33 0;69 33 0;70 33 0;71 33 0;72 33 0;73 33 0;66 34 0;67 34 0;68 34 0;69 34 0;70 34 0;71 34 0;72 34 0;73 34 0;74 34 0;66 35 0;67 35 0;68 35 0;69 35 0;70 35 0;71 35 0;72 35 0;73 35 0;74 35 0;66 36 0;67 36 0;68 36 0;69 36 0;70 36 0;71 36 0;72 36 0;73 36 0;74 36 0;67 37 0;68 37 0;69 37 0;70 37 0;71 37 0;72 37 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="32" id="32">
                <Center>41.8654 79.5769 0</Center>
                <Nodes>41 76 0;42 76 0;43 76 0;44 76 0;38 77 0;39 77 0;40 77 0;41 77 0;42 77 0;43 77 0;44 77 0;39 78 0;40 78 0;41 78 0;42 78 0;43 78 0;44 78 0;45 78 0;39 79 0;40 79 0;41 79 0;42 79 0;43 79 0;44 79 0;45 79 0;46 79 0;39 80 0;40 80 0;41 80 0;42 80 0;43 80 0;44 80 0;45 80 0;39 81 0;40 81 0;41 81 0;42 81 0;43 81 0;44 81 0;45 81 0;39 82 0;40 82 0;41 82 0;42 82 0;43 82 0;44 82 0;39 83 0;40 83 0;41 83 0;42 83 0;43 83 0;44 83 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="33" id="33">
                <Center>63.7736 41.0755 0</Center>
                <Nodes>65 37 0;66 37 0;61 38 0;62 38 0;63 38 0;64 38 0;65 38 0;66 38 0;67 38 0;61 39 0;62 39 0;63 39 0;64 39 0;65 39 0;66 39 0;67 39 0;61 40 0;62 40 0;63 40 0;64 40 0;65 40 0;66 40 0;67 40 0;61 41 0;62 41 0;63 41 0;64 41 0;65 41 0;66 41 0;67 41 0;61 42 0;62 42 0;63 42 0;64 42 0;65 42 0;66 42 0;60 43 0;61 43 0;62 43 0;63 43 0;64 43 0;65 43 0;66 43 0;61 44 0;62 44 0;63 44 0;64 44 0;65 44 0;66 44 0;62 45 0;63 45 0;64 45 0;65 45 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="34" id="34">
                <Center>33.9231 71.9808 0</Center>
                <Nodes>34 67 0;35 67 0;36 67 0;33 68 0;34 68 0;35 68 0;36 68 0;31 69 0;32 69 0;33 69 0;34 69 0;35 69 0;36 69 0;31 70 0;32 70 0;33 70 0;34 70 0;35 70 0;36 70 0;32 71 0;33 71 0;34 71 0;35 71 0;36 71 0;32 72 0;33 72 0;34 72 0;35 72 0;36 72 0;32 73 0;33 73 0;34 73 0;35 73 0;36 73 0;32 74 0;33 74 0;34 74 0;35 74 0;36 74 0;32 75 0;33 75 0;34 75 0;35 75 0;36 75 0;32 76 0;33 76 0;34 76 0;35 76 0;36 76 0;32 77 0;33 77 0;34 77 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="35" id="35">
                <Center>52.8269 30.3077 0</Center>
                <Nodes>52 26 0;53 26 0;50 27 0;51 27 0;52 27 0;53 27 0;54 27 0;55 27 0;50 28 0;51 28 0;52 28 0;53 28 0;54 28 0;55 28 0;50 29 0;51 29 0;52 29 0;53 29 0;54 29 0;55 29 0;50 30 0;51 30 0;52 30 0;53 30 0;54 30 0;55 30 0;49 31 0;50 31 0;51 31 0;52 31 0;53 31 0;54 31 0;55 31 0;56 31 0;49 32 0;50 32 0;51 32 0;52 32 0;53 32 0;54 32 0;55 32 0;56 32 0;52 33 0;53 33 0;54 33 0;55 33 0;56 33 0;53 34 0;54 34 0;55 34 0;56 34 0;54 35 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="36" id="36">
                <Center>44.8868 67.9057 0</Center>
                <Nodes>43 64 0;42 65 0;43 65 0;44 65 0;45 65 0;46 65 0;42 66 0;43 66 0;44 66 0;45 66 0;46 66 0;47 66 0;48 66 0;49 66 0;41 67 0;42 67 0;43 67 0;44 67 0;45 67 0;46 67 0;47 67 0;48 67 0;49 67 0;40 68 0;41 68 0;42 68 0;43 68 0;44 68 0;45 68 0;46 68 0;47 68 0;48 68 0;49 68 0;41 69 0;42 69 0;43 69 0;44 69 0;45 69 0;46 69 0;47 69 0;48 69 0;43 70 0;44 70 0;45 70 0;46 70 0;47 70 0;48 70 0;49 70 0;44 71 0;45 71 0;46 71 0;44 72 0;45 72 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="37" id="37">
                <Center>37.9623 34.2075 0</Center>
                <Nodes>37 31 0;38 31 0;39 31 0;40 31 0;35 32 0;36 32 0;37 32 0;38 32 0;39 32 0;40 32 0;41 32 0;34 33 0;35 33 0;36 33 0;37 33 0;38 33 0;39 33 0;40 33 0;41 33 0;42 33 0;34 34 0;35 34 0;36 34 0;37 34 0;38 34 0;39 34 0;40 34 0;41 34 0;42 34 0;34 35 0;35 35 0;36 35 0;37 35 0;38 35 0;39 35 0;40 35 0;41 35 0;42 35 0;34 36 0;35 36 0;36 36 0;37 36 0;38 36 0;39 36 0;40 36 0;41 36 0;35 37 0;36 37 0;37 37 0;38 37 0;39 37 0;40 37 0;41 37 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="38" id="38">
                <Center>58.9423 53.4808 0</Center>
                <Nodes>57 49 0;56 50 0;57 50 0;58 50 0;59 50 0;56 51 0;57 51 0;58 51 0;59 51 0;60 51 0;61 51 0;62 51 0;56 52 0;57 52 0;58 52 0;59 52 0;60 52 0;61 52 0;62 52 0;56 53 0;57 53 0;58 53 0;59 53 0;60 53 0;61 53 0;62 53 0;56 54 0;57 54 0;58 54 0;59 54 0;60 54 0;61 54 0;62 54 0;56 55 0;57 55 0;58 55 0;59 55 0;60 55 0;61 55 0;62 55 0;56 56 0;57 56 0;58 56 0;59 56 0;60 56 0;61 56 0;62 56 0;58 57 0;59 57 0;60 57 0;61 57 0;62 57 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="39" id="39">
                <Center>68.4151 47.7925 0</Center>
                <Nodes>66 45 0;67 45 0;68 45 0;69 45 0;70 45 0;65 46 0;66 46 0;67 46 0;68 46 0;69 46 0;70 46 0;71 46 0;72 46 0;73 46 0;64 47 0;65 47 0;66 47 0;67 47 0;68 47 0;69 47 0;70 47 0;71 47 0;72 47 0;73 47 0;64 48 0;65 48 0;66 48 0;67 48 0;68 48 0;69 48 0;70 48 0;71 48 0;72 48 0;73 48 0;64 49 0;65 49 0;66 49 0;67 49 0;68 49 0;69 49 0;70 49 0;71 49 0;72 49 0;65 50 0;66 50 0;67 50 0;68 50 0;69 50 0;70 50 0;71 50 0;68 51 0;69 51 0;70 51 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="40" id="40">
                <Center>46.0577 23.9423 0</Center>
                <Nodes>44 21 0;45 21 0;46 21 0;47 21 0;49 21 0;43 22 0;44 22 0;45 22 0;46 22 0;47 22 0;48 22 0;49 22 0;50 22 0;42 23 0;43 23 0;44 23 0;45 23 0;46 23 0;47 23 0;48 23 0;49 23 0;50 23 0;42 24 0;43 24 0;44 24 0;45 24 0;46 24 0;47 24 0;48 24 0;49 24 0;50 24 0;42 25 0;43 25 0;44 25 0;45 25 0;46 25 0;47 25 0;48 25 0;49 25 0;50 25 0;42 26 0;43 26 0;44 26 0;45 26 0;46 26 0;47 26 0;48 26 0;49 26 0;45 27 0;46 27 0;47 27 0;48 27 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="41" id="41">
                <Center>50.8846 46.3846 0</Center>
                <Nodes>49 43 0;50 43 0;51 43 0;52 43 0;53 43 0;54 43 0;48 44 0;49 44 0;50 44 0;51 44 0;52 44 0;53 44 0;54 44 0;48 45 0;49 45 0;50 45 0;51 45 0;52 45 0;53 45 0;54 45 0;48 46 0;49 46 0;50 46 0;51 46 0;52 46 0;53 46 0;54 46 0;48 47 0;49 47 0;50 47 0;51 47 0;52 47 0;53 47 0;54 47 0;48 48 0;49 48 0;50 48 0;51 48 0;52 48 0;53 48 0;54 48 0;48 49 0;49 49 0;50 49 0;51 49 0;52 49 0;53 49 0;54 49 0;48 50 0;49 50 0;50 50 0;48 51 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="42" id="42">
                <Center>69.1887 61.1509 0</Center>
                <Nodes>66 58 0;67 58 0;68 58 0;69 58 0;70 58 0;71 58 0;72 58 0;66 59 0;67 59 0;68 59 0;69 59 0;70 59 0;71 59 0;72 59 0;66 60 0;67 60 0;68 60 0;69 60 0;70 60 0;71 60 0;72 60 0;66 61 0;67 61 0;68 61 0;69 61 0;70 61 0;71 61 0;72 61 0;73 61 0;66 62 0;67 62 0;68 62 0;69 62 0;70 62 0;71 62 0;72 62 0;73 62 0;66 63 0;67 63 0;68 63 0;69 63 0;70 63 0;71 63 0;72 63 0;73 63 0;66 64 0;67 64 0;68 64 0;69 64 0;70 64 0;71 64 0;69 65 0;70 65 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="43" id="43">
                <Center>77.3396 57.8113 0</Center>
                <Nodes>78 54 0;79 54 0;80 54 0;77 55 0;78 55 0;79 55 0;80 55 0;81 55 0;75 56 0;76 56 0;77 56 0;78 56 0;79 56 0;80 56 0;81 56 0;74 57 0;75 57 0;76 57 0;77 57 0;78 57 0;79 57 0;80 57 0;81 57 0;73 58 0;74 58 0;75 58 0;76 58 0;77 58 0;78 58 0;79 58 0;80 58 0;81 58 0;73 59 0;74 59 0;75 59 0;76 59 0;77 59 0;78 59 0;79 59 0;80 59 0;81 59 0;73 60 0;74 60 0;75 60 0;76 60 0;77 60 0;78 60 0;79 60 0;75 61 0;76 61 0;77 61 0;78 61 0;77 62 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="44" id="44">
                <Center>31.4423 57.9615 0</Center>
                <Nodes>29 54 0;30 54 0;31 54 0;32 54 0;33 54 0;29 55 0;30 55 0;31 55 0;32 55 0;33 55 0;29 56 0;30 56 0;31 56 0;32 56 0;33 56 0;34 56 0;29 57 0;30 57 0;31 57 0;32 57 0;33 57 0;29 58 0;30 58 0;31 58 0;32 58 0;33 58 0;34 58 0;28 59 0;29 59 0;30 59 0;31 59 0;32 59 0;33 59 0;34 59 0;35 59 0;28 60 0;29 60 0;30 60 0;31 60 0;32 60 0;33 60 0;34 60 0;35 60 0;36 60 0;28 61 0;29 61 0;30 61 0;31 61 0;32 61 0;33 61 0;34 61 0;35 61 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="45" id="45">
                <Center>77.6415 46.9057 0</Center>
                <Nodes>77 43 0;74 44 0;75 44 0;76 44 0;77 44 0;78 44 0;79 44 0;80 44 0;74 45 0;75 45 0;76 45 0;77 45 0;78 45 0;79 45 0;80 45 0;81 45 0;74 46 0;75 46 0;76 46 0;77 46 0;78 46 0;79 46 0;80 46 0;81 46 0;74 47 0;75 47 0;76 47 0;77 47 0;78 47 0;79 47 0;80 47 0;81 47 0;74 48 0;75 48 0;76 48 0;77 48 0;78 48 0;79 48 0;80 48 0;81 48 0;76 49 0;77 49 0;78 49 0;79 49 0;80 49 0;81 49 0;77 50 0;78 50 0;79 50 0;80 50 0;77 51 0;78 51 0;79 51 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="46" id="46">
                <Center>43.6981 55.3774 0</Center>
                <Nodes>41 52 0;42 52 0;43 52 0;44 52 0;45 52 0;46 52 0;47 52 0;41 53 0;42 53 0;43 53 0;44 53 0;45 53 0;46 53 0;47 53 0;41 54 0;42 54 0;43 54 0;44 54 0;45 54 0;46 54 0;47 54 0;41 55 0;42 55 0;43 55 0;44 55 0;45 55 0;46 55 0;47 55 0;41 56 0;42 56 0;43 56 0;44 56 0;45 56 0;46 56 0;47 56 0;41 57 0;42 57 0;43 57 0;44 57 0;45 57 0;46 57 0;47 57 0;41 58 0;42 58 0;43 58 0;44 58 0;45 58 0;41 59 0;42 59 0;43 59 0;44 59 0;41 60 0;42 60 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="47" id="47">
                <Center>59.5 66.7885 0</Center>
                <Nodes>58 63 0;59 63 0;57 64 0;58 64 0;59 64 0;60 64 0;56 65 0;57 65 0;58 65 0;59 65 0;60 65 0;61 65 0;62 65 0;63 65 0;56 66 0;57 66 0;58 66 0;59 66 0;60 66 0;61 66 0;62 66 0;63 66 0;64 66 0;56 67 0;57 67 0;58 67 0;59 67 0;60 67 0;61 67 0;62 67 0;63 67 0;64 67 0;56 68 0;57 68 0;58 68 0;59 68 0;60 68 0;61 68 0;62 68 0;63 68 0;64 68 0;56 69 0;57 69 0;58 69 0;59 69 0;60 69 0;61 69 0;62 69 0;63 69 0;56 70 0;57 70 0;58 70 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="48" id="48">
                <Center>31.5849 40.8113 0</Center>
                <Nodes>31 36 0;30 37 0;31 37 0;32 37 0;33 37 0;34 37 0;29 38 0;30 38 0;31 38 0;32 38 0;33 38 0;34 38 0;29 39 0;30 39 0;31 39 0;32 39 0;33 39 0;34 39 0;29 40 0;30 40 0;31 40 0;32 40 0;33 40 0;34 40 0;29 41 0;30 41 0;31 41 0;32 41 0;33 41 0;34 41 0;29 42 0;30 42 0;31 42 0;32 42 0;33 42 0;34 42 0;35 42 0;29 43 0;30 43 0;31 43 0;32 43 0;33 43 0;34 43 0;35 43 0;29 44 0;30 44 0;31 44 0;32 44 0;33 44 0;34 44 0;29 45 0;30 45 0;31 45 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="49" id="49">
                <Center>56.8077 39.1923 0</Center>
                <Nodes>55 35 0;56 35 0;57 35 0;54 36 0;55 36 0;56 36 0;57 36 0;58 36 0;54 37 0;55 37 0;56 37 0;57 37 0;58 37 0;59 37 0;54 38 0;55 38 0;56 38 0;57 38 0;58 38 0;59 38 0;60 38 0;54 39 0;55 39 0;56 39 0;57 39 0;58 39 0;59 39 0;60 39 0;54 40 0;55 40 0;56 40 0;57 40 0;58 40 0;59 40 0;60 40 0;55 41 0;56 41 0;57 41 0;58 41 0;59 41 0;60 41 0;54 42 0;55 42 0;56 42 0;57 42 0;58 42 0;59 42 0;60 42 0;55 43 0;56 43 0;57 43 0;58 43 0</Nodes>
            </Cell>
            <Cell name="50" id="50">
                <Center>66.0385 53.9038 0</Center>
                <Nodes>63 50 0;64 50 0;63 51 0;64 51 0;65 51 0;66 51 0;67 51 0;63 52 0;64 52 0;65 52 0;66 52 0;67 52 0;68 52 0;69 52 0;70 52 0;63 53 0;64 53 0;65 53 0;66 53 0;67 53 0;68 53 0;69 53 0;70 53 0;63 54 0;64 54 0;65 54 0;66 54 0;67 54 0;68 54 0;69 54 0;70 54 0;63 55 0;64 55 0;65 55 0;66 55 0;67 55 0;68 55 0;69 55 0;63 56 0;64 56 0;65 56 0;66 56 0;67 56 0;68 56 0;69 56 0;63 57 0;64 57 0;65 57 0;66 57 0;67 57 0;68 57 0;69 57 0</Nodes>
            </Cell>
        </Population>
    </CellPopulations>
    <Analysis>
        <Gnuplotter tags="analysis" time-step="100">
            <Annotation>Plot cell populations, colored by cell type.</Annotation>
            <Terminal name="png" size="400 400 0"/>
            <Plot>
                <Cells value="cell.type"/>
            </Plot>
        </Gnuplotter>
        <Logger tags="analysis" time-step="100">
            <Annotation>Log change of "c" in cells of cell type ct1 over time.</Annotation>
            <Input>
                <!--    <Disabled>
        <Global/>
    </Disabled>
-->
                <Symbol symbol-ref="celltype.ct1.id"/>
                <Symbol symbol-ref="c"/>
            </Input>
            <Output>
                <TextOutput/>
            </Output>
        </Logger>
        <ModelGraph format="dot" include-tags="#untagged,analysis,ct1,ct2,medium" reduced="false"/>
    </Analysis>
</MorpheusModel>